Svet agencije ima predsednika in šest članov.
Predsednika in tri člane sveta agencije imenuje Vlada Republike Slovenije iz vrst neodvisnih strokovnjakov, pri čemer je en član iz vrst delavcev agencije, tri člane pa imenuje Banka Slovenije.
Reprezentativni sindikat v agenciji predlaga Vladi Republike Slovenije imenovanje predstavnika delavcev agencije, na način in po postopku, ki ga sam določi, s tem, da predlagani predstavnik ni vodilni delavec agencije.
Člani sveta agencije izmed sebe izvolijo namestnika predsednika.
Mandat predsednika, namestnika in članov sveta agencije traja 4 leta.