Premoženje zavoda sestoji iz stvarnega in finančnega premoženja, v katero štejejo premičnine in nepremičnine, denarna sredstva in terjatve. Zavod s svojim premoženjem samostojno ravna in v pravnem prometu samostojno prevzema obveznosti in pridobiva pravice, vključno z lastninsko pravico na stvarnem premoženju.
Zavod opravlja dejavnost obveznega zdravstvenega zavarovanja z denarnimi sredstvi, ki jih zagotavljajo zavezanci s plačilom prispevka za obvezno zdravstveno zavarovanje, druge osebe s plačili odškodninskih zahtevkov, s povračilom stroškov po mednarodnih pogodbah o zagotavljanju zdravstvenega varstva, s plačilom dela, ki ga opravi za druge organizacije in iz drugih virov.
Zavod opravlja dejavnost OZDO s sredstvi, ki so zbrana iz prispevkov OZDO, sredstev državnega proračuna in lastne udeležbe zavarovane osebe, ki je upravičena do DO in koristi storitve DO.
Zavod samostojno gospodari z zbranimi sredstvi in z njimi zagotavlja uveljavljanje pravic iz obveznega zdravstvenega zavarovanja in OZDO ter uresničevanje funkcij za njuno izvajanje. Za obveznosti iz OZDO zavod ne odgovarja s premoženjem obveznega zdravstvenega zavarovanja in obratno.
Zavod za svoje obveznosti iz naslova izvajanja dejavnosti prodaje blaga in storitev na trgu odgovarja s presežki prihodkov nad odhodki iz te dejavnosti in premoženjem, ki ni namenjeno izvajanju obveznega zdravstvenega zavarovanja, OZDO in javnih pooblastil, ki niso del obveznega zdravstvenega zavarovanja ali del OZDO.«.