Nadzor nad zakonitostjo, namembnostjo ter gospodarno in učinkovito rabo sredstev zavoda ter revidiranje njegovih računovodskih izkazov opravlja Računsko sodišče Republike Slovenije oziroma ustrezna pooblaščena institucija na podlagi javnega razpisa.
Upravni in strokovni nadzor nad delom zavoda ter finančni nadzor nad namensko porabo sredstev opravlja ministrstvo, pristojno za delo oziroma drug pogodbeni partner, določen z zakonom.