Zavod je organiziran enotno za območje Republike Slovenije.
Zavod izvaja svojo dejavnost na sedežu ter po organizacijskih enotah.
Mednarodne projekte in strokovno svetovanje s področja svoje dejavnosti v mednarodnem prostoru izvaja zavod zlasti v državah članicah Evropske unije, Evropskega gospodarskega prostora in državah kandidatkah za vstop v Evropsko unijo.
Za opravljanje posameznih dejavnosti ali dela dejavnosti ali za opravljanje dejavnosti na določenem območju, s katerimi se zagotavlja dostopnost storitev in zagotavljanje pravic uporabnikom na območju Republike Slovenije, se oblikujejo organizacijske enote.
Osnovne organizacijske enote zavoda so: centralna služba in območne službe. Osnovne organizacijske enote so praviloma sestavljene iz manjših organizacijskih enot, ki teritorialno in funkcionalno zagotavljajo izvedbo dejavnosti zavoda.