Strokovni organ zavoda je strokovni kolegij. Šteje sedem članov, ki jih na predlog direktorja zavoda imenuje svet zavoda izmed strokovnih delavcev zavoda in zunanjih strokovnjakov s področja dela zavoda.
Predsednik sveta območne enote zbornice je član strokovnega kolegija.
Predsednik sveta zavoda je član strokovnega kolegij po funkciji.
Strokovni kolegij obravnava strokovna vprašanja s področja dela zavoda, odloča o strokovnih vprašanjih razvoja kmetijstva v regiji v okviru pooblastil, določa strokovne podlage za programe razvoja zavoda in kmetijstva v regiji.