Organi univerze so: rektor, senat, upravni odbor in študentski svet.
Organi članic so: dekan, senat in študentski svet.
Dekan predstavlja in zastopa članico v okviru njenih pravic in obveznosti, določenih z zakonom, tem odlokom in statutom univerze.
Univerza in članice imajo lahko tudi druge organe, če tako določa statut univerze.
S statutom se lahko določi, da sta funkcija vodenja strokovnega dela in poslovodna funkcija ločeni.