V 28. členu se v devetem odstavku za besedo »Rižane« doda besedilo »ter Osapske reke in njenih pritokov«.
Petnajsti odstavek se spremeni tako, da se glasi:
»(15)
Za varstvo raka primorskega koščaka se regulacijska dela v vodotokih (levi pritok Glinščice, Škofijski potok) ne smejo izvajati v času visokih vodostajev in v času razmnoževanja vrste (od septembra do novembra). Vse ureditve vodotokov se načrtujejo tako, da se hidrološko/hidravlične razmere bistveno ne spreminjajo. Pri premostitvi vodotokov se za utrjevanje bregov uporabljajo čim bolj avtohtoni materiali, potoki se ne smejo poglabljati, širiti ali ožiti. Brežine se ne utrjujejo z betonskimi zidovi.«.
Za petindvajsetim odstavkom se dodajo novi šestindvajseti, sedemindvajseti in osemindvajseti odstavek, ki se glasijo:
»(26)
Zaradi varstva črtastega medvedka (Callimorpha quadripunctaria) se po izvajanju posegov na območjih, kjer je bil gozd izkrčen, zagotovi gozdni rob.
(27)
Z namenom zmanjšanja negativnih vplivov zaradi poseganja v habitat kraškega zmrzlikarja (Erannis ankeraria) je treba novo nastali gozdni rob ob novi dostopni cesti T-2b2 zasaditi s sadikami gradna (Quercus petraea) in puhastega hrasta (Quercus pubescens).
(28)
Z namenom zaščite kvalifikacijskih habitatnih tipov, habitatnih tipov z visoko naravovarstveno vrednostjo ter habitatov kvalifikacijskih in ogroženih vrst se za shranjevanje kakršnegakoli materiala, parkirišča in manipulativne površine, potrebne za obratovanje gradbišč, uporabi degradirana območja, ki bodo nastala zaradi gradnje desnega tira Divača-Koper oziroma druga degradirana območja znotraj območja državnega lokacijskega načrta.«.