Zavezanci plačujejo povračila z mesečnimi akontacijami do 10. v mesecu za pretekli mesec na prehodni račun proračuna Republike Slovenije pri Službi družbenega knjigovodstva. Za neporavnane obveznosti zavezanec plača zamudne obresti. Poračun plačanih akontacij se opravi na podlagi izdanega računa Ministrstva za varstvo okolja in urejanje prostora za preteklo leto, pri čemer se upoštevajo dejanske količine oddane onesnažene oziroma pitne vode.
Mesečno akontacijo v tekočem letu določi zavezancem Ministrstvo za varstvo okolja in urejanje prostora na podlagi prijavljenih količin oddane onesnažene oziroma pitne vode za preteklo leto.
Zavezanci so dolžni za vsako pretečeno leto najkasneje do konca januarja tekočega leta sporočiti Ministrstvu za varstvo okolja in urejanje prostora podatke o dejanskih količinah oddane onesnažene oziroma pitne vode.