Ministrstvo sofinancira programe dejavnosti javnih zavodov ARNES in IZUM na podlagi letnih finančno ovrednotenih in vsebinsko usklajenih programov dela, sprejetih v skladu z aktom o ustanovitvi.
Javna zavoda ARNES in IZUM sta dolžna ministrstvu predložiti letne programe dela za naslednje leto najkasneje do 15. 12. tekočega leta. Minister, po uskladitvi obsega letnega programa dela s proračunskimi možnostmi, s sklepom določi obseg sredstev.
Minister sklene z zavodom letno pogodbo o financiranju, s katero se uredijo medsebojne pravice, obveznosti in odgovornosti.
V primeru, da ministrstvo med letom zadolži zavod za izvedbo dodatnih nalog, se za to sklene posebna pogodba.
Če programe dejavnosti javnih zavodov ARNES in IZUM sofinancira več ministrstev, morajo biti deleži sofinanciranja predhodno usklajeni.