Vodenje obratovanja obsega naloge sistemskega operaterja v okviru koordinacije angažiranja proizvodnih enot, vodenja omrežja ter obratovanja EES v interkonekciji. Vodenje obratovanja poteka iz RCV ali v posebnih primerih iz rezervnega centra vodenja sistema in ostalih centrov vodenja.
Vodenje obratovanja temelji na načrtovanju obratovanja s ciljem obvladovanja posledic motenj in okvar v okvirih trenutno razpoložljivih obratovalnih možnosti.