Direktorja imenuje rektor za dobo štirih let na predlog znanstvenega sveta članice izmed znanstvenih delavcev članice, ki izpolnjujejo pogoje za izvolitev v senat univerze, v 15 dneh po prejetem sklepu o izvolitvi v znanstvenem svetu članice.
Rektor lahko imenovanje direktorja zadrži. V tem primeru predlog z obrazložitvijo v 15 dneh po prejetem sklepu o izvolitvi v znanstvenem svetu članice vrne znanstvenemu svetu članice v ponovno obravnavo in odločanje. V primeru, da znanstveni svet članice ponovno predlaga istega kandidata, ga rektor v 15 dneh imenuje za direktorja.
Direktor je lahko ponovno imenovan.
Direktor je lahko predčasno razrešen:
1.
na lastno zahtevo,
2.
če s svojim delom huje ali večkrat krši zakonodajo Republike Slovenije ter predpise, statut ali druge splošne akte univerze ali če neutemeljeno ne izvršuje zakonitih sklepov organov univerze ali očitno ravna v nasprotju z njimi,
3.
če s svojim nevestnim ali nepravilnim delom ali s prekoračitvijo pooblastil prizadene univerzi ali njenim članicam večjo škodo ali če bi zaradi takšnega njegovega dela taka škoda lahko nastala,
4.
če so bile z izvajanjem njegovih sklepov kršene zakonite pravice delavcev ali študentov ali je bila po njegovi krivdi povzročena škoda univerzi ali članicam univerze,
5.
če izgubi naziv ali mu je prenehalo delovno razmerje na univerzi.
Rektor lahko razreši direktorja pred potekom njegovega mandata tudi na predlog znanstvenega sveta članice, izglasovanega z dvotretjinsko večino vseh članov znanstvenega sveta članice.
V primerih predčasne razrešitve direktorja imenuje rektor izmed znanstvenih delavcev članice, ki izpolnjujejo pogoje za izvolitev v senat univerze, na predlog znanstvenega sveta članice osebo, ki izvaja in opravlja naloge in pristojnosti direktorja članice in izvede postopek volitev novega direktorja, vendar najdlje za obdobje šestih mesecev.