Skupščina Zavoda ima predsednika in namestnika. Izvolijo ju člani Skupščine na prvem zasedanju iz svoje sestave.
V primeru, ko je predsednik izvoljen iz vrst predstavnikov organizacij in delodajalcev, organiziranih v gospodarskih zbornicah in drugih združenjih delodajalcev, se izvoli njegovega namestnika iz vrst predstavnikov zavarovancev in uživalcev pravic, ki jih imenujejo sindikati, organizacije upokojencev ter delovnih invalidov, in obratno.