Univerza lahko, skladno z ustavno avtonomijo, upoštevaje veljavno zakonodajo, za določena specifična razmerja, za njene potrebe delovanja ter za zagotovitev akademske regulative in principov avtonomnega delovanja univerze, sprejme v statutu univerze in splošnih aktih univerze specialne določbe, ki avtonomno urejajo sistem na univerzi. V tem primeru se uporablja pravno pravilo, da specialne določbe razveljavijo splošne določbe.
S statutom in drugimi splošnimi akti univerze se skladno z zakonom, ustanovitvenim aktom univerze in drugimi predpisi urejajo visokošolska dejavnost, organizacija in poslovanje univerze in njenih članic, določajo organi in njihovo delovno področje in način dela, določa študijski in izpitni režim, ureja način uresničevanja pravic in obveznosti delavcev in študentov ter druga vprašanja dela in poslovanja univerze.