Akti o notranji organizaciji in sistemizaciji delovnih mest se uskladijo s tem zakonom najkasneje v dveh mesecih od uveljavitve tega zakona. Najkasneje do izteka tega roka ministrstva prevzamejo naloge v skladu s tem zakonom, ustrezne javne uslužbence, opremo, dokumentacijo, prostore in pravice proračunske porabe v skladu z določbami zakona, ki ureja izvajanje državnega proračuna.
Ne glede na prejšnji odstavek Ministrstvo za kmetijstvo in okolje prevzame naloge v skladu s tem zakonom, sorazmerni del javnih uslužbencev, opreme, dokumentacije, prostorov in pravic proračunske porabe najkasneje do 1. januarja 2014. Najkasneje do tega datuma se s tem zakonom uskladita tudi akta o notranji organizaciji in sistemizaciji delovnih mest Ministrstva za kmetijstvo in okolje ter Ministrstva za zdravje.
Uradnikom, ki so z dnem uveljavitve tega zakona na položaju generalnega direktorja v ministrstvu, z uveljavitvijo aktov iz prvega in drugega odstavka tega člena, ne glede na določbo četrtega odstavka 83. člena Zakona o javnih uslužbencih (Uradni list RS, št. 63/07 - uradno prečiščeno besedilo, 65/08, 69/08 - ZTFI-A, 69/08 - ZZavar-E in 40/12 - ZUJF), položaji ne prenehajo, če se direktorati, ki jih vodijo, ustanovijo v vsebinsko enakem ali zmanjšanem obsegu v drugem ministrstvu.
Naloge na področjih uresničevanja ustavnih in zakonskih določil, ki zadevajo posebne pravice pripadnikov italijanske in madžarske narodne skupnosti ter spremljanja in skrbi za zaščito posebnih pravic v Sloveniji živeče romske skupnosti, ustrezne javne uslužbence, opremo, dokumentacijo, prostore in pravice proračunske porabe v skladu z določbami zakona, ki ureja izvajanje državnega proračuna, najkasneje v dveh mesecih od uveljavitve tega zakona prevzame Kabinet predsednika Vlade Republike Slovenije. Najkasneje do izteka tega roka se s tem zakonom uskladijo akt, ki ureja Kabinet predsednika Vlade Republike Slovenije, in akta o notranji organizaciji in sistemizaciji delovnih mest Ministrstva za notranje zadeve in Kabineta predsednika Vlade Republike Slovenije.