Varstvo prebivalstva pred nalezljivimi boleznimi se izvaja po programih.
Republiški program za varstvo prebivalstva pred nalezljivimi boleznimi pripravi Univerzitetni zavod za zdravstveno in socialno varstvo. Program sprejme za zdravstveno varstvo pristojni republiški upravni organ po predhodnem mnenju Zdravstvene skupnosti Slovenije.
Zavodi za socialno medicino in higieno v sodelovanju z Univerzitetnim zavodom za zdravstveno in socialno varstvo pripravijo programe za varstvo prebivalstva pred nalezljivimi boleznimi za bolezni, ki ogrožajo prebivalstvo le v posameznih območjih SR Slovenije. Programe sprejmejo za zdravstveno varstvo pristojni občinski upravni organi po predhodnem mnenju občinskih zdravstvenih skupnosti.
Visokošolska organizacija združenega dela za veterinarstvo in Univerzitetni zavod za zdravstveno in socialno varstvo pripravita program za varstvo prebivalstva pred zoonozami. Program sprejmeta za kmetijstvo in za zdravstveno varstvo pristojna republiška upravna organa.
Programi iz prejšnjih odstavkov tega člena se določijo za posamezno leto ali za daljše obdobje. V programu se določijo ukrepi, izvajalci, roki in finančna sredstva za njegovo izvršitev.