Ne glede na prepovedi iz prejšnjega člena lahko pristojni republiški upravni organ izjemoma izda ob pogojih, s katerimi se zavaruje vodni režim po predpisih o vodah, lokacijsko dovoljenje, vodnogospodarsko soglasje oziroma gradbeno dovoljenje za gradnjo posameznih objektov in naprav širšega regionalnega pomena na zavarovanem območju po predhodnem mnenju Izvršnega sveta Skupščine občine Tolmin, republiškega komiteja za varstvo okolja in republiškega upravnega organa, pod čigar pristojnost spada objekt ali naprava. Za gradnjo umetnih jezer za energetsko izrabo se lahko izda lokacijsko dovoljenje, vodnogospodarsko soglasje oziroma gradbeno dovoljenje na zavarovanem območju samo nizvodno Trnovega in če je taka gradnja določena z urbanističnim programom občine Tolmin.
Če je potrebna sanacijska sečnja ali če je za vodni režim koristen odvzem mivke, peska, proda ali kamna ali odlaganje odkopnih, vodi neškodljivih materialov, na določenih mestih, lahko pristojni upravni organ skupščine občine dovoli tak poseg v zavarovano območje.
Prepoved iz prejšnjega člena se ne nanaša na gradnjo in rekonstrukcijo vodnogospodarskih objektov in naprav drugih objektov, katerih namen je zavarovanje brežin in struge pred hudourniki, erozijo in plazenjem hribin, ter na vzdrževanje takih že obstoječih objektov in naprav.