Tričlanska izpitna komisija je sestavljena iz predsednika in dveh članov. Zapisnikarja, ki je zdravnik, določi predsednik izpitne komisije. Predsednik in člani izpitne komisije morajo imeti naziv učitelja medicinske fakultete, višjega svetnika ali svetnika. Član izpitne komisije je lahko tudi specialist z najmanj desetimi leti izkušenj na svojem področju, ki ga potrdi zbornica. Komisija je lahko tudi mednarodna. Predsednik izpitne komisije mora biti specialist tiste specialnosti, iz področja katere se opravlja specialistični izpit.
Predsednik izpitne komisije mora praviloma imeti dolgoletne izkušnje s preverjanjem znanja na specialističnih izpitih.
Seznam kandidatov za člane izpitnih komisij pripravi zbornica v sodelovanju z medicinsko fakulteto, strokovnimi združenji in sekcijami Slovenskega zdravniškega društva.
Izpitu praviloma prisostvuje tudi glavni mentor, vendar ne more sodelovati pri delu izpitne komisije.