Sredstva za vračilo finančnih sredstev Evropske unije v primeru ugotovljenega nepravilnega ali neupravičenega izplačila, zamudne obresti in upravne kazni zagotovi agencija v okviru svojega finančnega načrta, pri čemer za vračilo ne sme uporabiti finančnih sredstev Evropske unije, sredstev domače soudeležbe in tudi ne drugih namenskih sredstev.
Kolikor sredstva agencije iz prejšnjega odstavka ne zadoščajo za vračilo finančnih sredstev Evropske unije, manjkajoča sredstva zagotovi Ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano.