V okviru agencije se izvajajo naslednje naloge:
Agencija mora zagotoviti nemoteno odrejanje plačil.
Naloge odobritve, izvršitve in računovodstva plačil so nezdružljive. Za vsako od njih je odgovorna posebna služba, katere pristojnosti so opredeljene v splošnem aktu iz 4. člena te uredbe.
Agencija s posebim pooblastilom opredeli pristojnosti in odgovornosti odredbodajalca, notranjega revizorja in računovodje. Te osebe so delavci s posebnimi pooblastili in so materialno odgovorne za izvajanje nalog v skladu s predpisi.