Kadar agencija ne izpolnjuje vseh navedenih pogojev za akreditacijo, ki jih določa ta uredba in ne izvede ustreznih prilagoditev v določenem roku, lahko Vlada Republike Slovenije akreditacijo odvzame, oziroma določi drugo agencijo, ki nadaljuje z njenim delom.
Glede na naravo manjkajočega pogoja lahko Vlada Republike Slovenije dodeli pogojno akreditacijo.
Predlog za odvzem akreditacije poda Organ za nadzor proračuna pri Ministrstvu za finance ali resorno ministrstvo.
Predlog za pogojno akreditacijo poda resorno ministrstvo ob soglasju Organa za nadzor proračuna pri Ministrstvu za finance.