V primerih iz 11. in 12. člena, kadar ministrstvo izvajalcu izda odločbo ali z njim sklene aneks k pogodbi, je izvajalec dolžan predložiti ministrstvu v skladu z odločbo ali aneksom spremenjen oziroma dopolnjen program dela in finančni načrt, potrjen s strani pristojnega organa izvajalca, v 60 dneh od prejema odločbe ali sklenitve aneksa k pogodbi.
Ministrstvo v primerih iz prvega odstavka 11. člena zahteva, da izvajalec spremeni oziroma dopolni program dela in finančni načrt tudi, kadar ministrstvo ni izdalo odločbe ali sklenilo aneksa z izvajalcem. Izvajalec je spremenjen oziroma dopolnjen program dela in finančni načrt, potrjen s strani pristojnega organa izvajalca, dolžan ministrstvu predložiti v 60 dneh od prejema zahteve s strani ministrstva.
Izvajalec ni dolžan spremeniti oziroma dopolniti programa dela in finančnega načrta, kar ministrstvo določi v odločbi ali aneksu, oziroma ministrstvo od njega tega ne zahteva, če gre za tako nizke zneske ali majhne spremembe oziroma dopolnitve, da postopek spremembe oziroma dopolnitve programa dela in finančnega načrta ne bi bil smotrn, ali če se v skladu s predpisi spremeni višina stroškov za plačilo dela zaposlenim.