Delo carinarnice vodi upravnik.
Upravnik carinarnice je višji upravni delavec.
Upravnik carinarnice je odgovoren direktorju za svoje delo in za delo carinarnice.
O stanju v carinarnici in njenem delu mora upravnik carinarnice poročati direktorju, ki določi čas in način za pošiljanje takih poročil.
Zaradi sodelovanja z udeleženci v carinskem postopku obvešča upravnik carinarnice pristojne republiške organe, Gospodarsko zbornico Slovenije in zainteresirana splošna združenja o vprašanjih iz delovnega področja carinarnice.
Carinarnica ima lahko enega ali dva pomočnika upravnika, ki je višji upravni delavec.