Sekretar strokovne skupine v skladu z navodili in sklepi, ki veljajo za nadomestila za delo v primerljivih telesih državne uprave, izdela predlog za plačilo honorarjev članom in vodji strokovne skupine in ga preda generalnemu sekretarju ministrstva, ki da soglasje k izplačilom.
Vodje programskih organizacijskih enot ministrstva predajo poročila strokovnih skupin pristojnemu državnemu sekretarju in ministru. K poročilom lahko pisno dodajo svoja opažanja in priporočila za oblikovanje programov in financiranje projektov.