Plačilo cestnine je gotovinsko ali brezgotovinsko.
Uporabnik, ki večkrat uporablja predor Karavanke, si lahko pri plačevanju cestnine za osebno vozilo zagotovi popust z nakupom naslednjih točkovnih kart:
Točkovne karte lahko uporabnik predora Karavanke kupi na cestninski postaji predor Karavanke – jug.
Minister za promet in zveze lahko določi, da se za plačilo cestnine na cestninski postaji predor Karavanke -jug upoštevajo tudi avstrijske točkovne karte, če je hkrati zagotovljena uporaba slovenskih točkovnih kart na avstrijski cestninski postaji predor Karavanke – sever.