Nova območna enota se lahko oblikuje za območje več občin, če na tem območju delujejo splošna bolnišnica, zdravstveni dom in lekarna z dejavnostmi, ki jih predpisuje zakon o zdravstveni dejavnosti ter, če Zavod lahko zagotovi prostorske, tehnične in kadrovske pogoje za delo območne enote.
Območne enote, razen območne enote Ljubljana, delujejo zunaj sedeža Zavoda in izvajajo svojo dejavnost na določenem območju, ki pokriva celotno ozemlje večih sosednjih občin.
Območne enote opravljajo svoje delo tudi po izpostavah.