O ugovorih in zahtevah za varstvo pravic delavcev Zavoda odloča Komisija za varstvo pravic. Komisija ima pristojnosti opredeljene v zakonu, kolektivni pogodbi oziroma splošnih aktih Zavoda.
Komisija iz prejšnjega odstavka šteje 13 članov, ki jih delavci Zavoda izvolijo na zborih delavcev območnih in področnih enot ter direkcije. Za člana komisije za varstvo pravic je izvoljen kandidat, ki je prejel največ glasov izmed predlaganih kandidatov enote. Območna enota Ljubljana voli dva kandidata. Če je predlagan samo en kandidat, je ta izvoljen, če prejme več kot polovico glasov delavcev enote, ki jih predstavlja.
Mandat članov odbora traja dve leti.