Zavod posluje preko enotnega žiro računa za zdravstveno zavarovanje. Sredstva iz vplačanih računov prispevkov za obvezno zdravstveno zavarovanje se preusmerjajo na žiro račun Zavoda. Premije za prostovoljno zdravstveno zavarovanje se plačujejo na poseben račun Zavoda. Zavod ima tudi poseben račun stanovanjskih sredstev in rezervnih sredstev.
Območne in področne enote poslujejo preko računov enot, ki so sestavni del žiro računa Zavoda in na teh računih ločeno vodijo sredstva obveznega in prostovoljnega zdravstvenega zavarovanja. Evidenco o sredstvih prostovoljnega zavarovanja območne enote zagotavljajo v glavni knjigi v knjigovodstvu. Na račune območnih in področnih enot se razporejajo sredstva iz žiro računa Zavoda v skladu s finančnim načrtom Zavoda. Območne in področne enote iz teh računov plačujejo račune za opravljene zdravstvene storitve in druge izdatke ter za potrebe dela in poslovanja enote v skladu s finančnim načrtom.