Zavod upravlja svet zavoda.
Svet zavoda ima devetnajst članov.
Svet zavoda sestavljajo:
-
deset predstavnikov ustanovitelja,
-
štirje predstavniki delavcev,
-
pet predstavnikov uporabnikov.
Predstavnike ustanovitelja imenuje vlada na predlog ministra za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano.
Predstavnike delavcev izvolijo delavci s tajnim glasovanjem. Volitve se opravijo na podlagi poslovnika, ki ga izda direktor zavoda.
Predstavnike uporabnikov imenujejo: Gospodarska zbornica Slovenije, Obrtna zbornica Slovenije, Zadružna zveza Slovenije, Veterinarska zbornica in Zveza potrošnikov Slovenije.
Predsednika sveta zavoda volijo člani sveta zavoda izmed delavcev zavoda.