Od primanjkljaja proizvodov, nabavljenih brez plačila davka (blaga za nadaljnjo prodajo, reprodukcijskega materiala in nadomestnih delov za vgraditev), se plačuje predpisani davek, razen če nastane zaradi višje sile oziroma vlomne tatvine (4. točka 5. člena zakona).
Od primanjkljaja proizvodov, nabavljenih po znižani davčni stopnji (oprema), se plačuje davek po stopnji, ki je enaka razliki med predpisano davčno stopnjo in stopnjo, po kateri je bil davek plačan ob nabavi.
Davčna osnova za manjkajočo opremo in reprodukcijski material je vrednost teh proizvodov v poslovnih knjigah oziroma vrednost, po kateri se za primanjkljaj bremeni odgovorna oseba in sicer tista vrednost, ki je večja. Davčna osnova za primanjkljaj blaga je njegova prodajna cena po petem odstavku 16. člena zakona.