Davčni zavezanec (pravna oseba in zasebnik), ki je med letom plačeval davek od primera do primera (28. člen zakona) in zavezanec, ki je davek plačeval periodično kot akontacije (31. do 41. člen zakona), sestavi dokončni obračun davka na obrazcu Obračun prometnega davka.
Pravna oseba predloži en izvod dokončnega obračuna prometnega davka pristojnemu davčnemu organu skupaj z letnim obračunom (43. člen zakona).
Zasebnik in druga fizična oseba iz 41. člen zakona, predloži en izvod dokončnega obračuna prometnega davka pristojnemu davčnemu organu skupaj z napovedjo davka od dohodkov iz dejavnosti (42. člen zakona).
Če zavezanec plača manj davka, kot bi ga moral po obračunu, predloži davčnemu organu naloge za vplačilo premalo plačanega davka oziroma dokazilo o plačilu razlike. Če ga plača več, kot bi ga moral po obračunu, lahko predloži pisno zahtevo za vračilo davka ali pisno obvestilo pristojnemu davčnemu organu, da bo za preveč plačani davek zmanjšal naslednje akontacije prometnega davka.
Davčni zavezanec, ki plačuje davek po plačani realizaciji, sestavi seznam neplačanih računov po stanju na dan 1. januarja in po stanju na dan 31. decembra zadevnega leta. Seznam vsebuje številke in datume računov ter znesek davka v neplačanih računih, razčlenjenih po tarifnih številkah in davčnih stopnjah. Davčni zavezanec hrani oba seznama kot knjigovodsko dokumentacijo, rekapitulacijo vsakega pa je dolžan priložiti obrazcu Obračun prometnega davka.
Davčni zavezanec, ki proda proizvode tujim fizičnim osebam in jim po 67. členu zakona vrne plačani davek, za znesek vrnjenega davka zmanjša obveznost davka v obračunu.