Zavezanec izračunava in plačuje akontacije prometnega davka na podlagi podatkov o prometu, zavezanem plačilu prometnega davka, razvrščenem v knjigovodstvu oziroma v izvenknjigovodskih evidencah po tarifnih številkah in davčnih stopnjah (55. člen zakona).
Zavezanec plača po prvem odstavku 31. člena zakona akontacijo davka za čas od 1. do 15. v mesecu in od 16. do zadnjega v mesecu (akontacijski dobi). Akontacijo plača v petih dneh po poteku vsake akontacijske dobe.
Če se zavezanec odloči, da bo plačeval akontacije davka med obračunsko dobo v višini 1/2 oziroma 1/6 davka, obračunanega v predhodni obračunski dobi, se za prvo obračunsko dobo leta vzamejo podatki iz zadnje obračunske dobe v preteklem letu.
Zavezanec, ki se mu obveznost za plačilo davka pojavi do trikrat v enem mesecu, se šteje za občasnega davčnega zavezanca in plačuje davek v petih dneh po nastanku obveznosti za plačilo davka (drugi odstavek 28. člena zakona).
Davčni zavezanec, ki prodaja proizvode iz poslovnih enot, registriranih za prodajo na drobno, mora voditi zaloge proizvodov po cenah z vračunanim prometnim davkom razvrščene po tarifnih številkah in davčnih stopnjah (7. točka prvega odstavka 26. člena zakona), razen tistih, ki dnevno ugotavljajo dejansko stanje zalog po vrsti, količini in vrednosti.
Davčni zavezanec – prodajalec motornih vozil in plovil, za katere je obvezna registracija, obračunava in plačuje za vsako akontacijsko dobo davek po podatkih o v računu zaračunanem davku (5. točka 32. člena zakona).