Arhiv opravlja svojo dejavnost na sedežu arhiva in v naslednjih organizacijskih enotah:
-
Enota za Dolenjsko in Belo krajino s sedežem v Novem mestu, Skalickega ulica 1, Novo mesto, ki pokriva območje upravnih enot Črnomelj, Metlika, Novo mesto, Trebnje;
-
Enota za Gorenjsko s sedežem v Kranju, Savska cesta 8, Kranj, ki pokriva območje upravnih enot Jesenice, Kranj, Radovljica, Tržič;
-
Enota v Škofji Loki s sedežem Partizanska cesta 1C, Škofja Loka, ki pokriva območje upravne enote Škofja Loka;
-
Enota v Idriji s sedežem Prelovčeva ulica 2, Idrija, ki pokriva območje upravne enote Idrija.