(1)
Vse prostorske ureditve in objekti, ki jih določa državni prostorski načrt, se izvajajo etapno, pri čemer mora biti etapnost določena tako, da ureditev predstavlja celovito funkcionalno zaokroženo celoto, ki ne ovira ali onemogoča izvedbe drugih načrtovanih ureditev, in so zagotovljeni pogoji varstva okolja.
(2)
Odlaganje izkopanega materiala se izvaja postopoma. Najprej se odlaganju nameni prostor med območjem obstoječega pristanišča in Ankaransko vpadnico. Po zapolnitvi tega prostora do kote +3,5 m n.v. se izkopani material odlaga na vzhodno stran Ankaranske vpadnice do meje državnega prostorskega načrta, razen na območju deponije viškov izkopanega materiala, nastalih pri gradnji II. tira železniške proge Divača–Koper, ki se skladno z določili 119. člena te uredbe lahko uporablja že prej.
(3)
Odlaganje izkopanega materiala v podaljšanje prvega in drugega pomola se izvaja skladno z razvojnimi potrebami pristanišča.
(4)
Pogoj za začetek gradnje tretjega pomola in za odlaganje izkopanega materiala vzhodno od Ankaranske vpadnice, razen na območje deponije viškov izkopanega materiala, nastalih pri gradnji II. tira železniške proge Divača–Koper, je vzpostavitev nadomestnih habitatov, ureditev Rižane, proti poplavnih nasipov ob Rižani in Ankaranskega obrobnega kanala. Pred gradnjo tretjega pomola je treba rekonstruirati tudi staro črpališče v Ankaranu.
(5)
Po zaključenem odlaganju izkopanega materiala na območju med obstoječim pristaniščem in Rižano se izvede tamponska podlaga, ki se jo lahko uporabi za skladiščenje blaga in manipulacijo do izgradnje načrtovanih objektov in drugih ureditev. Etapnosti odlaganja izkopanega materiala in dvigovanju kote celotnega območja sledita tudi izvajanje drugih ureditev in gradnja objektov.
(6)
Nadvišanje protipoplavnih nasipov ob Rižani iz 58. člena te uredbe je treba izvesti pred gradnjo kaset za odlaganje materiala vzhodno od Ankaranske vpadnice. Pogoj se ne nanaša na gradnjo na območju deponije viškov materiala, nastalih pri gradnji II. tira železniške proge Divača–Koper.
(7)
Gradnja načrtovanih objektov in ureditev, namenjenih javni in poslovni dejavnosti na območju med mestom Koper in pristaniščem Koper na delu, kjer je danes pristanišče, se lahko začne šele po umiku vseh pristaniških dejavnosti s tega območja.
(8)
Potniški terminal se do umika pristaniške dejavnosti z območja, namenjenega javnim programom, začasno prometno navezuje na Severno obvoznico. Po umiku pristaniških dejavnosti se zgradi nova cestna povezava in ukine priključek na Severno obvoznico.