Dejavnosti inštituta v skladu z Uredbo o standardni klasifikaciji dejavnosti (Uradni list RS, št. 69/07 in 17/08) so:
55.209 Druge nastanitve za krajši čas,
58.110 Izdajanje knjig,
58.140 Izdajanje revij in druge periodike,
58.190 Drugo založništvo,
59.110 Produkcija filmov, video filmov, televizijskih
oddaj,
63.110 Obdelava podatkov in s tem povezane dejavnosti,
68.200 Oddajanje in obratovanje lastnih ali najetih
nepremičnin,
70.220 Drugo podjetniško in poslovno svetovanje,
71.121 Geofizikalne meritve, kartiranje,
71.129 Druge inženirske dejavnosti in tehnično
svetovanje,
71.200 Tehnično preizkušanje in analiziranje,
72.110 Raziskovalna in razvojna dejavnost na področju
Biotehnologije,
72.190 Raziskovalna in razvojna dejavnost na drugih
področjih naravoslovja in tehnologije,
74.900 Drugje nerazvrščene strokovne in tehnične
dejavnosti,
77.390 Dajanje drugih strojev, naprav in opredmetenih
sredstev v najem in zakup,
77.400 Dajanje pravic uporabe intelektualne lastnine v
zakup, razen avtorsko zaščitenih del,
82.300 Organiziranje razstav, sejmov, srečanj,
84.110 Splošna dejavnost javne uprave,
85.422 Visokošolsko izobraževanje,
85.590 Drugje nerazvrščeno izobraževanje,
izpopolnjevanje in usposabljanje,
91.011 Dejavnost knjižnic,
91.040 Dejavnost botaničnih in živalskih vrtov, varstvo
naravnih vrednot.«.
Inštitut kot multidisciplinarni javni raziskovalni zavod, povezan z visokošolskimi organizacijami v okviru Programa dela Inštituta izvaja kot javno službo raziskovalne programe, ki predstavljajo zaokroženo področje raziskovalnega dela, za katerega je pričakovati, da bo v svetu aktualen še v naslednjem desetletju in je hkrati za Slovenijo tako pomembno, da obstaja državni interes, da se na tem področju dolgoročno raziskuje. Inštitut opravlja temeljno in aplikativno raziskovanje ter skrbi za razvoj in delovanje infrastrukture v okviru Raziskovalne in inovacijske strategije Slovenije.
Inštitut se vključuje v mednarodno znanstveno raziskovalno dejavnost in se v ta namen povezuje s strokovnimi organizacijami po svetu.
Inštitut se vključuje v mednarodno znanstveno raziskovalno dejavnost in se v ta namen povezuje s sorodnimi organizacijami v svetu.
Inštitut bo zagotavljal vsestransko dostopnost ter uporabo znanja v družbi in gospodarstvu, prenos raziskovalnih dosežkov v prakso, popularizacijo znanosti, širjenje znanstvene kulture in obveščanje javnosti.
Inštitut v okviru svoje dejavnosti izvaja tudi monitoring morja in somornic, monitoring naravnih značilnosti in pojavov morja ter monitoring ekološkega stanja celinskih voda v skladu s predpisi na področju varstva okolja (v nadaljnjem besedilu: monitoring).
Inštitut v okviru svoje dejavnosti izvaja tudi naloge monitoringa, analiziranja in testiranja odvzetih vzorcev ter razvoja analitičnih in testnih metod, in deluje kot referenčni preskusni laboratorij na področju gensko spremenjenih organizmov v skladu s predpisi na področju ravnanja z gensko spremenjenimi organizmi (v nadaljnjem besedilu: monitoring GSO).
Inštitut v okviru svoje dejavnosti izvaja tudi nekatere razvojne in strokovne naloge s področja upravljanja celinskih voda in morja, zlasti razvoj strokovnih osnov za spremljanje stanja ter varstva vodnega okolja in spremljanje procesov v vodnem okolju (v nadaljnjem besedilu: razvojne in strokovne naloge).
Inštitut v okviru svoje dejavnosti daje poseben poudarek znanstvenim osnovam za varstvo okolja in spremljanje procesov v njem ter razvoju novih in čistih tehnologij.