Organ upravljanja zavoda je Upravni odbor.
Upravni odbor šteje devet članov, ki jih imenuje in razrešuje Vlada Republike Slovenije. Od tega imenuje:
-
dva na predlog za knjižnice pristojnih ministrstev, in sicer enega na predlog ministrstva, pristojnega za raziskovalno dejavnost, in enega na predlog ministrstva, pristojnega za kulturo,
-
enega na predlog univerz,
-
enega na predlog nacionalne knjižnice,
-
enega na predlog splošnih knjižnic,
-
enega na predlog šolskih knjižnic,
-
enega na predlog specialnih knjižnic,
-
enega na predlog ministrstva, pristojnega za informacijsko družbo,
-
enega na predlog zaposlenih.
Mandat članov traja štiri leta.
Predsednika Upravnega odbora izvolijo člani Upravnega odbora izmed predstavnikov ustanovitelja.