Smernice za dobro higiensko prakso, ki jih je minister odobril pred uveljavitvijo te uredbe, se lahko še naprej uporabljajo, kolikor njihova vsebina ni v nasprotju s to uredbo.
Smernice za dobro higiensko prakso, ki so se začele pripravljati pred uveljavitvijo te uredbe na podlagi 7. člena Pravilnika o higieni živil (Uradni list RS, št. 60/02, 104/03, 11/04 in 51/04) se pripravijo in sprejmejo v skladu z navedenim pravilnikom, kolikor njihova vsebina ni v nasprotju s to uredbo.