Pristojni organ za izvajanje te uredbe je ministrstvo, pristojno za zdravje (v nadaljnjem besedilu: ministrstvo).
Pristojni organ za izvajanje uradnega nadzora iz te uredbe je Zdravstveni inšpektorat Republike Slovenije (v nadaljnjem besedilu: ZIRS).
Za izvajanje drugega odstavka 6. člena, 33. in 36. člena Uredbe 178/2002/ES je za namene te uredbe v skladu z uredbo, ki ureja koordinacijo delovanja ministrstev in njihovih organov v sestavi na področju varnosti hrane oziroma živil pri vključevanju v proces analize tveganja (v nadaljnjem besedilu: uredba o koordinaciji) pristojen Inštitut za varovanje zdravja Republike Slovenije (v nadaljnjem besedilu: IVZ) v sodelovanju z drugimi institucijami.