Nosilec živilske dejavnosti mora v skladu z drugim odstavkom 6. člena Uredbe 852/2004/ES obrate, v katerih izvaja dejavnost, registrirati pri ZIRS.
Vlogo za registracijo iz tega člena nosilec živilske dejavnosti praviloma odda z izpolnitvijo elektronskega obrazca, objavljenega na spletnem naslovu http://e-storitve-zirs.gov.si. Vloga se lahko odda tudi pisno na obrazcu iz priloge 2 te uredbe. Pisna vloga se pošlje na območno enoto ZIRS, na območju katere je obrat, s pripisom "Registracija". Naslovi območnih enot ZIRS so dostopni na spletnih straneh ZIRS: http//www.zi.gov.si/.
Postopek iz prejšnjega odstavka se uporablja tudi za posodabljanje podatkov v skladu z drugim odstavkom 6. člena Uredbe 852/2004/ES.
Vlogo za registracijo in vsa posodabljanja iz prejšnjega odstavka nosilec živilske dejavnosti sporoči ZIRS najmanj 15 dni pred začetkom obratovanja oziroma najpozneje 30 dni po vsakršni spremembi podatkov, opredeljenih v prilogi 2 te uredbe.
Če je vloga za registracijo nepopolna, ZIRS s tako vlogo ravna tako, kot je predpisano za ravnanje z nepopolno oziroma pomanjkljivo vlogo v zakonu, ki ureja splošni upravni postopek.
Na podlagi popolne vloge ZIRS uvrsti obrat na seznam registriranih obratov (v nadaljnjem besedilu: register obratov).
Register obratov nosilcev živilske dejavnosti vodi in posodablja ZIRS v skladu s prvim odstavkom 31. člena Uredbe 882/2004/ES, pri tem lahko uporabi razpoložljive podatke iz drugih uradnih evidenc.