Agencija opravlja kot dejavnost v javnem interesu naslednje naloge:
Z izvajanjem nalog v javnem interesu agencija zagotavlja:
Za izvrševanje javnih pooblastil sprejema agencija skladno s predpisi splošne akte. Agencija izdaja posamične upravne akte, s katerimi odloča o upravnih stvareh iz svojega delovnega področja.
Za namene poročanja Evropski železniški agenciji agencija objavi letno poročilo o svoji dejavnosti v prejšnjem letu in ga pošlje Evropski železniški agenciji najkasneje do 30. septembra tekočega leta. Poročilo mora vsebovati informacije o: