Pristojbine iz 1. in 3. člena te uredbe ter stroške iz 2. člena plača certifikacijski organ na vplačilni račun, odprt pri Agenciji Republike Slovenije za plačilni promet v Ljubljani, in se razporejajo v dobro državnega proračuna – med druge prihodke države.
Pristojbine iz 1. člena te uredbe plača certifikacijski organ do 15. dne v mesecu za certifikate, izdane v prejšnjem mesecu.
Pristojbine iz 3. člena te uredbe plača certifikacijski organ 15 dni po prevzemu obrazcev certifikatov o skladnosti.
Stroške iz 2. člena te uredbe plača certifikacijski organ v roku 15 dni po prejemu poziva za plačilo.