Republika Slovenija ob deponiranju svoje listine o ratifikaciji protokola vladi Španije kot depozitarju sporoči naslednjo izjavo, ki jo je dala že ob podpisu protokola:
Republika Slovenija ob Protokolu o celovitem upravljanju obalnih območij v Sredozemlju, podpisanem v Madridu 21. januarja 2008, izjavlja:
V zvezi s Protokolom o celovitem upravljanju obalnih območij v Sredozemlju, podpisanim v Madridu 21. januarja 2008, Republika Slovenija meni, da so vsa enostranska dejanja podpisnic omenjenega protokola glede ohranitve pravic (še posebej sedanjih in prihodnjih zahtevkov ali pravnih stališč katere koli pogodbenice v zvezi s pravom morja, razmejitvijo teh morskih območij med državami, katerih obale se stikajo, in pravice neškodljivega prehoda po teritorialnem morju kot tudi narave in obsega pristojnosti obalne države, države zastave ali države pristanišča) v nasprotju s splošnimi določbami protokola in načeli celovitega upravljanja sredozemskega območja in brez pravne veljave.
Določba protokola, da noben predpis ali dejanje na podlagi protokola ne more biti razlog za uveljavljanje ali izpodbijanje kakršnega koli zahtevka v zvezi s suverenostjo ali pristojnostjo države, je v tem smislu še posebej pomembna.
Republika Slovenija izraža tudi prepričanje, da protokol prispeva k izvajanju direktive EU o morskih strategijah, sprejete decembra 2007, v kateri je poudarjena pomembnost regionalnega in podregionalnega sodelovanja v Sredozemlju za trajnostno upravljanje morskih in obalnih virov.