Če se naročnik ne strinja z odločbo o ocenitvi, lahko v 8 dneh vloži na ministrstvo, pristojno za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano (v nadaljnjem besedilu: ministrstvo), zahtevek za ponovno oceno. Ministrstvo izmed pooblaščenih organizacij določi organizacijo, ki bo izvedla ponovno ocenjevanje. Ponovnega ocenjevanja ne opravi organizacija, ki je opravljala prvotno ocenjevanje. Pritožbeni vzorec se ocenjuje iz vzorca, ki ga zapečatenega hrani pooblaščena organizacija.
Analiza se v primeru pritožbe izvede po predpisani – klasični metodi in sicer v dveh ponovitvah, pri čemer je rezultat povprečje meritev. Komisija pokuševalcev je sestavljena iz devetih pokuševalcev; zagotovljena mora biti tripartitna zastopanost. Prvotni pokuševalci so pri ponovni oceni izločeni.
Rezultat ponovne ocene je dokončen.