Organi univerze so rektor, senat, upravni odbor in študentski svet.
Organi fakultete so dekan, senat, akademski zbor in študentski svet.
Organa Inštituta Andrej Marušič sta direktor in znanstveni svet.
Organa Študentskih domov sta direktor in študentski svet stanovalcev.
Organ Univerzitetne knjižnice je ravnatelj oziroma direktor, lahko pa tudi strokovni svet.