Zavod sestavljajo posamezne vsebinsko zaključene celote v organizacijskih enotah zavoda. Organizacijske enote ustanavlja svet zavoda na predlog direktorja zavoda s sklepom o ustanovitvi organizacijske enote.
Organizacijske enote zavoda se lahko ustanavljajo za posamezno področje dejavnosti zavoda v skladu z ustanovitveno pogodbo, če dejavnosti zaradi svoje zaključene vsebine, narave dejavnosti, načina financiranja ali iz drugih razlogov ni mogoče ali ni smiselno opravljati kot splošno dejavnost zavoda ali v okviru obstoječe organizacijske enote.
V primeru, da se ustanovi teritorialna organizacijska enota se tovrstna teritorialna organizacijska enota imenuje poslovna enota – PE.