Koncesionarjem se lahko poveča oziroma zmanjša financiranje programov, ki jih izvajajo na podlagi odločbe o koncesiji, in sicer po postopkih ter z upoštevanjem kriterijev, kazalnikov in meril, določenih v podzakonskem predpisu agencije, ki ureja postopke (so)financiranja, ocenjevanja in spremljanja izvajanja raziskovalne dejavnosti.
Odločbo o povečanju oziroma zmanjšanju financiranja za raziskovalne organizacije s koncesijo izda minister na predlog Znanstvenega sveta agencije, pri čemer pri infrastrukturnih programih odloči le o povečanju oziroma zmanjšanju financiranja plačnega dela ekvivalenta polne zaposlitve (FTE).
Agencija po vročitvi odločbe o povečanju oziroma zmanjšanju financiranja pripravi predlog pogodbe o koncesiji oziroma aneksa k pogodbi o koncesiji, ki ga pošlje koncesionarju. Glede aneksa k pogodbi o koncesiji se uporabljajo določbe tega pravilnika, ki se nanašajo na pogodbo o koncesiji.«.