Strokovni svet mora najpozneje do 30. junija vsakega leta sprejeti letni obračun za prejšnje leto.
Finančni načrt in letni obračun Agencije sprejme strokovni svet, potrdi pa ju Državni zbor Republike Slovenije.
Do sprejetja finančnega načrta Agencije se financiranje Agencije izvaja po sklepu o začasnem financiranju, ki ga sprejme strokovni svet.