Agencija vodi poslovne knjige in izdeluje letna poročila v skladu z zakonom o računovodstvu. Letno poročilo, ki ga agencija enkrat letno predloži Vladi Republike Slovenije v sprejem, vsebuje tudi poročilo o delu agencije in o stanju na področju energetike. Letno poročilo mora biti pripravljeno v skladu z določili zakona o javnih financah.
Nadzor nad zakonitostjo, namembnostjo, gospodarno in učinkovito rabo sredstev se opravlja v skladu z zakonom o Računskem sodišču Republike Slovenije, nadzor nad finančnim poslovanjem agencije pa se vrši v skladu z zakonom o javnih financah.