Strokovni direktor KC vodi, usklajuje in odgovarja za strokovno dejavnost KC. Odgovoren je tudi za uresničevanje uravnoteženega strokovnega razvoja in strokovnega povezovanja z drugimi zdravstvenimi zavodi.
Strokovnega direktorja imenuje in razrešuje svet KC na podlagi javnega razpisa. Imenuje ga izmed kandidatov, ki jih predlaga strokovni svet KC. Strokovni svet KC mora svetu KC predlagati vse kandidate, ki jih je ocenil kot ustrezne in svojo oceno utemeljiti na podlagi meril, ki jih sprejme strokovni svet KC.
Za strokovnega direktorja je lahko imenovan kandidat, ki ima univerzitetno izobrazbo medicinske smeri, naziv profesorja na medicinski fakulteti ali naziv višji svetnik in najmanj 4 leta delovnih izkušenj na vodstvenih delovnih mestih v zdravstvu. Njegov mandat traja štiri leta in je lahko ponovno imenovan.
Strokovni direktor ne sme opravljati druge funkcije s posebnimi pooblastili v KC.''.