Pooblaščeni zdravnik mora o opravljenih preventivnih zdravstvenih pregledih voditi in hraniti medicinsko dokumentacijo, ki obsega predvsem:
Pooblaščeni zdravnik potrebuje za oceno izpolnjevanja posebnih zdravstvenih zahtev za določeno delo v delovnem okolju ustrezno medicinsko dokumentacijo delavca, ki mu jo na njegovo pisno ali ustno zahtevo posreduje delavčev izbrani osebni zdravnik v roku treh dni po predhodnem soglasju delavca, ki je v postopku ocene izpolnjevanja posebnih zdravstvenih zahtev. Pooblaščeni zdravnik dokumentacijo vrne izbranemu osebnemu zdravniku najpozneje dan po prejemu dokumentacije. Pooblaščeni zdravnik uporabi že opravljene laboratorijske izvide, ki niso starejši od enega meseca.
V primeru, ko delodajalec izbere novega pooblaščenega zdravnika, je dotedanji pooblaščeni zdravnik dolžan temu na zahtevo delodajalca v 30 dneh predati vso medicinsko dokumentacijo o opravljenih preventivnih zdravstvenih pregledih. Stroške kopiranja dokumentacije, ki jo zadrži dotedanji pooblaščeni zdravnik, nosi delodajalec, ki je zahteval spremembo pooblaščenega zdravnika.