Zdravniki sekundariji se za opravljanje sekundarijata na posameznem obveznem ali izbirnem strokovnem področju v okviru programa prijavljajo po lastni želji. Ob prijavi kandidat predloži lasten predlog celotnega poteka sekundarijata. Za opravljanje sekundarijata se morajo kandidati prijaviti na zbornici najkasneje dva meseca pred predvidenim pričetkom dela.
Ob prijavi za delo na izbirnih strokovnih področjih, ki lahko traja najmanj en mesec, morajo sekundariji navesti najmanj dve izbirni strokovni področji.